Interessanter Artikel auf Spiegel Online (II)

[L172]

Hallo!

Also, im Moment ist der Standart so:
DNA-Extraktion
PCR
Aufreinigung der PCR
PCR mit ddNTPs (markierte ddNTPs oder Primer)
Sequenzierung

Mag sein, dass sich da noch was vereinfachen lässt... ich weiß nur, dass das schon jetzt längst nicht immer so klappt, wie es sollte...

Der nachfolgende Schritt - Sequenz analysieren, vergleichen, klassifizieren, zusammensetzen ist für gute Rechner wie gemacht. Da ist Sturheit gefragt und davon haben die Dinger bekanntlich eine Menge.

Vorausgesetzt, die Sequenz wurde mit einer guten Qualität gelesen, kein Problem. Der Vergleich der Sequenzen sit heute schin beim Blast Standart.

Für uns Hobbyisten ist das Ding ja nur interessant, wenn Beschreibungen dazukommen - denn wer will schon eine Sequenz als L-Nummern-Code?

Genau!
Und genau dafür wird man immer noch Taxonomen brauchen. Eben für die Beschreibungen/Charakterisierungen der Tiere, die für die Sequenzen der DB verwendet werden.
Was nützt es zu wissen, dass der Barcode von L399 und L400 einen Unterschied von 4% aufweist. Heißt das jetzt, dass es zwei Arten sind, oder nicht???
Selbst, wenn man sich darauf einigt, die Grenze bei 5% zu ziehen, gilt das dann für alle Arten? Wie sieht es mit unterschiedlichen Mutationsfrequenzen von verschiedenen Arten/Populationen aus?

Wenn du da an der Quelle sitzt - kannst du nicht mal ein paar Hypancistren in den Mixer …

Wäre ein nettes nächstes Projekt...
Bräuchte ich aber das Material dazu. Am besten natürlich direkt vom Fundort.

Ich kenne das von Paros, da wird eine Artabgrenzung inzwischen über Barcodes verifiziert. Ist bei denen auch sinnvoll, denn die Viecher sind von Tümpel zu Tümpel verschieden …

Was sind "Paros"?
Das ist meine Arbeitsabkürzung für Parotocinclus, da das ganze Wort nicht auf ein 0,2-ml-Eppendorf passt...
Aber wenn die Viecher so verschieden sind, warum braucht man dann die Sequenzen?
Oder sind es doch nur Populationen und Du willst wissen aus welchem Tümpel das Vieh stammt?

Grüße,
Christian