Interessanter Artikel auf Spiegel Online (II)

[L172]

Hallo!

Also, im Moment ist der Standart so:
DNA-Extraktion
PCR
Aufreinigung der PCR
PCR mit ddNTPs (markierte ddNTPs oder Primer)
Sequenzierung

Mag sein, dass sich da noch was vereinfachen lässt... ich weiß nur, dass das schon jetzt längst nicht immer so klappt, wie es sollte...

Der nachfolgende Schritt - Sequenz analysieren, vergleichen, klassifizieren, zusammensetzen ist für gute Rechner wie gemacht. Da ist Sturheit gefragt und davon haben die Dinger bekanntlich eine Menge.

Vorausgesetzt, die Sequenz wurde mit einer guten Qualität gelesen, kein Problem. Der Vergleich der Sequenzen sit heute schin beim Blast Standart.

Für uns Hobbyisten ist das Ding ja nur interessant, wenn Beschreibungen dazukommen - denn wer will schon eine Sequenz als L-Nummern-Code?

Genau!
Und genau dafür wird man immer noch Taxonomen brauchen. Eben für die Beschreibungen/Charakterisierungen der Tiere, die für die Sequenzen der DB verwendet werden.
Was nützt es zu wissen, dass der Barcode von L399 und L400 einen Unterschied von 4% aufweist. Heißt das jetzt, dass es zwei Arten sind, oder nicht???
Selbst, wenn man sich darauf einigt, die Grenze bei 5% zu ziehen, gilt das dann für alle Arten? Wie sieht es mit unterschiedlichen Mutationsfrequenzen von verschiedenen Arten/Populationen aus?

Wenn du da an der Quelle sitzt - kannst du nicht mal ein paar Hypancistren in den Mixer …

Wäre ein nettes nächstes Projekt...
Bräuchte ich aber das Material dazu. Am besten natürlich direkt vom Fundort.

Ich kenne das von Paros, da wird eine Artabgrenzung inzwischen über Barcodes verifiziert. Ist bei denen auch sinnvoll, denn die Viecher sind von Tümpel zu Tümpel verschieden …

Was sind "Paros"?
Das ist meine Arbeitsabkürzung für Parotocinclus, da das ganze Wort nicht auf ein 0,2-ml-Eppendorf passt...
Aber wenn die Viecher so verschieden sind, warum braucht man dann die Sequenzen?
Oder sind es doch nur Populationen und Du willst wissen aus welchem Tümpel das Vieh stammt?

Grüße,
Christian

Hi,

sorry - so kanns gehen. Mit Paros die Gattung Parosphromenus, dass sind Prachtguramies, also Labyrinther. Die kommen allesamt aus Schwarzwassergewässern und haben winzige Fundorte. Da die Tiere fast alle vom Aussterben bedroht sind, werden die inzwischen versucht über Barcodes zu bestimmen. Denn da kann man jetzt nicht mehr auf die Flossenzähler warten.

Brauchst du für deine Forschung denn ein ganzes Tier, oder reicht meinetwegen ein Stück Flosse oder Schleimhaut?

x

[L172]

Hallo!

Ein Stück Flosse reicht aus...
Im Moment habe ich allerdings so viel mit meinen zwei Projekten zu tun, dass ich da nicht auch noch ran kann.
Prinzipiell hätte ich aber schon grosses Interesse an einem solchen Projekt.
Man müsste eben nur sehen, Material von sicher bestimmten Tieren, mit sicherer Herkunft zu bekommen.

Grüsse,
Christian

[L172]

Hallo!

Ich habe nochmalmit Kollegen darüber gesprochen.
Ein Ansatz,der evtl in die richtige Richtung gehen könnte, wäre, "einfach" alle Sequenzen aller bekannten Arten auf einen DNA-Chip/Micro-Array aufzutragen. Dan könnte man mit der Tümpelmatsche/DNA-Mix "einfach" eine spezifische Hybridisierung machen und sehen, was hängen bleibt,also an Arten dabei war.
Dass man dieses System auf Taschenformat schrumpfen kann,halte ich schon eher für möglich. Auch die Kosten dürften dabei erheblich geringer Ausfallen...

Grüsse,
Christian

[madate]

Hi,


stimmt. Microarrays könnten funktionieren.
Ich habe selbst vor einigen Jahren ein wenig damit gearbeitet. Allerdings ist die Auswertung alles andere als einfach und schnell zu erledigen, da man ja bis zu 40000 Dots auswerten muß. Da braucht mn schon einen Bioinformatiker.

Wir hatten uns damals ein Set für 30000€ gekauft. Billig ist der Spaß nicht.

Gruß,
Mathias

[L172]

Hallo Mathias!

Gut, aus der Portokasse zu zahlen ist auch der Spaß nicht, aber verglichen mit den derzeitigen Preisen für Sequenzierer.... :-)

Grüße,
Christian

Hi,

klingt ja alles sehr interessant, auch wenn ich da teilweise aussteige, was die Komplexität der Materie angeht. Interessant bei solchen Entwicklungen, in diesem Fall die Digitalisierung der Taxonomie, ist lediglich, ob die Maschine überhaupt ein erfolgreiches Ergebnis präsentieren kann - den Rest regelt über kurz oder lang Moores Gesetz.

Mag sein, dass sich 30.000 Tacken viel für ein Gerät anhören, aber für einen gescheiten Rechner hat man vor gar nicht langer Zeit auch mal so viel gezahlt. Ich freue mich, wenn hier im Forum Leute herumgeistern, die dieses Thema aus einem professionellen Blickwinkel betrachten können.

Spannend vor dem Hintergrund der digitalen Entwicklungen finde ich aber auch, dass zwar die Beschreibung digitalisiert werden kann, die Erforschung der Lebenweise dabei aber vollkommen auf der Strecke bleibt.

Wer macht denn in Zukunft diese Arbeit?

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[L172]

Hallo!

Bei den DNA-Chips werden die DNA-Sequenzen als Molekül auf den Chip aufgebracht, um so andere DNA (in "unserem" Beispiel den Tümpelmix) daran hybridisieren zu können.
In dem Fall zieht (vermute ich) das Moorsche Gesetz nicht...

Wer macht denn in Zukunft diese Arbeit?

Das hatte Hebert ja gesagt, dass auch nich ein bisschen Platz für herkömmliche Biologen bleibt.
Weil, Verhalten etc. lässt sich nicht über Barcodes bestimmen...

Grüße,
Christian

[madate]

Hi,


ich denke auch, daß in Zukunft die Molekularbiologie eine immer größer werdende Rolle spielen wird. Allerdings werden immer weniger Taxonomen ausgebildet, die sich damit befassen. Auch die Geldgeber fehlen.
Vor 2 Monaten gab es einen Schwerpunkt über eben dieses Thema im Laborjournal. Leider habe ich diese Ausgabe nicht.

Hier mal der Link: Laborjournal


Gruß,
Mathias