Interessanter Artikel auf Spiegel Online (II)

Hi,
in Anlehnung auf die überaus fruchtbare Diskussion aus dem Thread "zum Thread gibt es heuet schon wieder einen interessanten Artikel zum Thema. Diesmal geht es um die Barcode-Initiative. Anscheinend plant da jemand eine große Nummer. Wenn es nach diesem Menschen geht, wissen wir spätestens 2014 wieviele Hypancistrusarten es gibt - ganz ohne Schuppen- und Zahnzähler.

Wäre doch toll:
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Hallo

Die spinnen die Römer

Gruss

[L172]

Hallo!

Naja, die Idee an sich ist ja nicht schlecht. Allerdings braucht es erstmal und weiterhin Taxonomen, die die Arten bestimmen. Was nützt es, wenn Du eine tolle Sequenz hast, aber keinen Schimmer, was welche Art das nun war.

Und, bei der Frage, ob Ixinandria nun aus einer, zwei oder drei Arten besteht, wird uns das System auch nicht helfen können. Da müsste man dann nämlich, wie in dem anderen Thread schon angesprochen, sagen: ab x% Unterschied sind es zwei Arten, darunter nicht.

Die Maschine, von der er spricht, wo links das Tier reingeschoben wird und rechts die Sequenz rauskommt, das ist ein Traum. Aber da sind wir wohl noch weit von entfernt...
Wenn ich sehe, wie viele Probleme meine Kollegen und ich OFT haben, aus einer Gewebeprobe eine Sequenz zu bekommen...
Zuerst muss die PCR funktionieren, um das COI-Fragment zu amplifizieren (und da sind die Primer von Hebert nicht perfekt! Zum einen funktionieren sie nicht mit allen Proben/Arten, zum anderen erbringen sie oft mehrere Fragmente, was dann ein einfaches Sequenzieren effektiv unterbindet). Als zweiter Schritt muss die Aufreinigung funktionieren. Dafür gibt es effiziente Kits. ABER, das heißt noch lange nicht, dass danach die Sequenzierung auch funktioniert...
Bei mir funktioniert sie DEUTLICH besser, wenn per Hand aufgereinigt wird, was aber OFT einen Verlust des Materials mit sich bringt, wonach man wieder von vorne anfangen muss...

Bis all diese Probleme gelöst sind, wird noch eine Zeit vergehen. Effektive Systeme dieser Art als große Maschine halte ich sogar für einigermaßen realistisch, aber bis es sowas im Taschenformat geben wird - da wird noch VIEL Zeit vergehen.

Außerdem verstehe ich nicht, wie er folgendes Beispiel lösen will:
"Man kippe links ein Kilo Tiermix rein und erhält "kurz" darauf eine Liste aller Arten, die darin enthalten waren"

Ein Sequenzierer mag noch so effizient sein, aber wenn Du Material von zwei oder mehr Arten zusammenkippst, kommt Müll raus, weil sich die Signale überlagern und Du/er nicht weiss/t welches von welcher Art ist...

Sprich, eine Feder reinschieben und den Namen erhalten, ok.
Aber mal den Kescher durchs Wasser ziehen und den Insekten-Schnecken-Egel-Fisch-Mix reinkippen und eine Liste der Arten erhalten ist IMHO nicht drinnen

Falls ich irgendwo falsch liege, bitte belehrt mich :-)

Grüße,
Christian

[Walter]

... und es gibt Gott sei Dank Leute, die Sequenzen, bevor sie sie aus der (inzwischen vorhandenen) "weltweiten" Gendatenbank nehmen und verwenden, diese Sequenzen durch den Computer schicken - und dann darauf kommen, dass die Sequenz, die hier z.B. (als Beispiel) als "irgendeine Reptilienart" tituliert ist, in Wirklichkeit von einem Affen stammt (oder stammen muss).

Glücklicherweise machen das noch einige Leute, wenn wir uns ansonsten nur noch auf Gensequenzen (z.B. zur Artbestimmung) verlassen würden, wären wir verloren - wo Menschen arbeiten (und Daten eingeben), werden Fehler gemacht.
Deshalb hier mal (die schon oft genannte) Warnung vor Versuchen, z.B. "Holotypen zu hinterlegen ist nicht mehr notwendig" - wie schon verlangt:
Wirkliche Klarheit schafft diesbezüglich dann doch immer wieder nur Anatomie/Morphologie/Eidonomie - und keine Sequenz (ohne passendes reales Ebenbild).


So what, says...


Walter

[madate]

Hi,


ich hatte es auch schon ein paar Mal, daß meine Sequenz, die eigentlich von Danio rerio sein sollte auf einmal von einem Bakterium war. Das kann passieren, da die Sequenzierer teilweise eng gebaut sind und die Proben sehr dicht nebeneinander laufen und sich die Signale dann überlagern. Dann kommt Schrott raus.


So isch des.

Gruß,
Mathias

[Walter]

... ähem - mit dem "Affen" hab ich eigentlich einen "Homo sapiens Affen" gemeint - weil jemand nicht sauber gearbeitet hat.
Kommt auch vor, leider.

Hi,
das finde ich ja toll - da haben wir mit Christian und Mathias zwei Experten für dieses Thema an Bord. Ich habe den Artikel gelesen, für mich war der Hinweis auf die Bioinformatiker wichtig. Denn die scheinen mächtigen Einfluss zu gewinnen.

Das Beispiel mit dem Mixer finde ich auch erschreckend - dass ist dann irgendwie ien rein quantitatives Verfahren. Ich denke mal, dass man es irgendwie so ist, dass die Sequenzen von verwandten Arten auch irgendwie ähnlich sind. Oder liege ich da falsch?

Ich habe Bio bis ins Abi gehabt, also viel mehr als Schulwissen ist bei mir nicht vorhanden …


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[madate]

Hi,


ich habe mir den Artkel jetzt mal etwas durchgelesen und einiges ist widersprüchlich.
Wenn er Arten bestimmen und neu klassifizieren will und das mittels PCR und/oder Sequenzierung, dann braucht er einen Vergleichswert. Ansonsten hat man nur DNA und kann sie nicht zuordnen. Also braucht man eine Grundlage, die man aber auf eine solche Art nicht bekommen kann. Hier beisst sich der Hund in den Schwanz, meiner Meinung nach.

Auch wenn man dann einen "Genbrei" hat, dürfte die Zuordnung recht schwer fallen, da man ja mehrere Organismen zusammen hat und dann muß sortiert werden. Auch hier kommen die Marker wieder zum tragen, wenn man nichts zum Vergleichen hat und das zuverlässig machen kann, dann wirds schwierig.

Wie gesagt, ich habe den Artikel nur überflogen.

Gruß,
Mathias

[L172]

Hallo Felix!

Ja, je näher die Arten verwandt sind, desto ähnlicher die Sequenzen (das ist zumindest die Theorie, die meiner Arbeit zugrunde liegt).

Zu Mathias Argument:
Ja, zuerst braucht man ein gut bestimmtes Tier, von dem man die Sequenz gewinnt und in die DB einspeist. Sonst kann das gar nichts werden...

Walter stimme ich im Prinzip auch zu.
Wo das Verfahren wirklich sinnvoll ist, ist z.B. beim Zoll. Da wird ein Tourist aufgegriffen mit Eiern im Gepäck. Da diese falsch gelagert wurden, sind sie eh schin abgestorben. Jetzt könnten es Hühner oder Wachteleier sein, die keinen Bestimmungen unterliegen. Mit Hilfe characteristischer Sequenzen (z.B. den Barcodes) kann man aber doch noch feststellen, von was für Tieren die Eier waren. In dem Falle einfacher, als die Embryos morphologisch bestimmen zu wollen.
Bei genanntem Beispiel ist teilweise auch schon herausgekommen, dass der Schmuggler gar nicht die Tiere bekommen hat, die er haben wollte...

Ein anderes Problem, das mir gestern noch eingefallen ist, sind die numts. Mitochondriale Sequenzen, die in die nucleäre DNA aufgenommen wworden sind, zum Teil in erheblichen Wiederholungen. Diese DNA ist vermutlich nutzlos, evoluiert mit einer anderen Frequenz als die der Mitochondrien, spricht aber eben auf dieselben Primer an. Ist wohl vor allem bei Carnivora/Mammalia ein großes Problem.
Wenn jetzt solche Sequenz in die DB kommt und jemand die echte Sequenz zum Vergleich schickt (oder umgekehrt), gibt es eben nicht die gewünschte Übereinstimmung.

Was die "Taschensequenzierer" angeht:
Wenn man sich ansieht, wie groß die Geräte heute alle sind, und wie viele Geräte man bis zur Sequenz braucht, sehe ich schwarz, das auf Hosentaschenformat zu schrumpfen.
Selbst wenn es irgendwann einmal gelingen sollte, selbst wenn das Gerät dann nur 10% des Preises kostet, was die Einzelgeräte heute kosten, wäre das Teil immer noch zu teuer, als dass Grundschulklassen sich damit am Biotop vergnügen könnten...
(das unabhängig von meinen Einwännden in #3)

Grüße,
Christian

Hi,

im Artikle steht einiges an Zukunftsmusik ist klar. Irgendwo muss man die Forschungsgelder auch verbraten. Der Bottleneck ist mit Sequenzierung, denn so wie ich es hier gelernt habe, ist da nix mit einfach Mixer an und Fertig. Da wird wohl eher ganz schön an einem Präparat gefummelt bis man sowas in die Anlage schiebt.

Der nachfolgende Schritt - Sequenz analysieren, vergleichen, klassifizieren, zusammensetzen ist für gute Rechner wie gemacht. Da ist Sturheit gefragt und davon haben die Dinger bekanntlich eine Menge.

Für uns Hobbyisten ist das Ding ja nur interessant, wenn Beschreibungen dazukommen - denn wer will schon eine Sequenz als L-Nummern-Code?

Wenn du da an der Quelle sitzt - kannst du nicht mal ein paar Hypancistren in den Mixer …

Ich kenne das von Paros, da wird eine Artabgrenzung inzwischen über Barcodes verifiziert. Ist bei denen auch sinnvoll, denn die Viecher sind von Tümpel zu Tümpel verschieden …

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