Hallo,
anfangs atmet der Embryo natürlich über die Haut - v.a. über den Periblast, der noch während der Furchung, also noch vor der Gastrulation entsteht.
Die Kiemen sind ecto- und entodermale Bildungen, und da das Entoderm in der Fischontogenese hinter den anderen beiden Keimblättern zurück bleibt und erst sehr spät in der Entwicklung ausdifferentiert wird, entstehen funktionelle Kiemen (und auch Darm) erst kurz vor dem Schlupf. Beim Schlupf hat die Larve natürlich schon funktionierende Kiemen.
Guck mal hier:
https://www.gastrulation.org/
https://www.devbio.com/